Curso de Ensamble de genomas microbianos

Dra. Luz Ángela González Salazar

Tecnológico de Monterrey

Curso de Ensamble de genomas microbianos

Curso en línea

Acceso durante 1 año

10 horas totales

$899.00 MXN ($45 USD)

Información general

Este curso ofrece una introducción práctica al ensamblaje de genomas microbianos, abordando desde la selección de datos de secuenciación hasta la obtención y evaluación de ensamblajes. Los participantes aprenderán a utilizar herramientas bioinformáticas como SPAdes, Flye, Unicycler y QUAST para ensamblar genomas de manera eficiente, comprendiendo las diferencias entre ensamblaje de novo y por referencia.

Qué aprenderás

Ejecución de ensambles genómicos de novo e híbridos

Evaluación la calidad de ensambles genómicos

Interpretación de resultados de ensamble de genomas

A quién va dirigido este curso

Este curso está dirigido a investigadores, docentes y estudiantes de las áreas de microbiología, biotecnología y bioinformática que deseen adquirir habilidades prácticas en el ensamblado de genomas microbianos. Es ideal para quienes buscan entender el flujo de trabajo desde las lecturas crudas de secuenciación hasta la evaluación de un ensamblaje, sin requerir experiencia previa en programación o bioinformática avanzada.

Beneficios del curso

Certificado de finalización

Constancia de
finalización del curso
y realización de un
proyecto con valor
curricular

Instructores expertos

Aprende directamente de expertos del área de las mejores instituciones de Latinoamérica y el mundo

Educación con proyectos

Realizarás un
proyecto académico
para demostrar las
habilidades
adquiridas en el
curso

Temario

M1 Introducción a las tecnologías de secuenciación

Tipos de tecnologías de secuenciación:
- Illumina (lecturas cortas).
- Oxford Nanopore y PacBio (lecturas largas).
Comparativa de plataformas: precisión, longitud de lectura, costos, aplicaciones.
Flujo de trabajo típico de un proyecto de ensamblaje genómico.
Práctica 1: Análisis de calidad de secuencias.

M2 Estrategias de ensamble genómico

Conceptos de ensamblaje de novo: ¿Qué es y cuándo se utiliza?
Ensamblaje de novo: Ventajas y limitaciones.
Ensamblaje por referencia: Ventajas y limitaciones.
Práctica 2: Análisis de ensamblaje de novo con SPAdes.

M3 Ensamble híbrido con Unicycler

Principios del ensamblaje híbrido (short + long reads).
Flujos de trabajo de Unicycler: cómo integrar datos de distintas plataformas.
Ventajas del ensamblaje híbrido en la obtención de genomas cerrados.
Práctica 3: Desarrollo ensamble híbrido con Unicycler.

M4 Evaluación de calidad de ensambles

Principales métricas de calidad: N50, L50, número de contigs, porcentaje de GC.
Interpretación crítica de estas métricas en el contexto del ensamblaje.
Herramientas de evaluación: QUAST.
Práctica 4: Evaluación de la calidad de los ensamblajes seleccionados.

M5 Síntesis y Presentación de Resultados de ensamble de genomas

Interpretación global de resultados de ensamble genómico y calidad.
Aplicación de ensamblaje de genomas en diferentes áreas de estudio.
Práctica 5: Presentación de resultados comparativos y discutir ventajas/desventajas de cada enfoque.

Proyecto

Ensamblaje y evaluación de genomas bacterianos a partir de datos de secuenciación

Ensamblaje de un genoma bacteriano a partir de datos reales de secuenciación (descargados de bases públicas), empleando herramientas especializadas para el ensamblaje y la evaluación de la calidad del genoma obtenido.

Instructor

Dra. Luz Ángela González Salazar

Tecnológico de Monterrey

Bióloga con maestría en biotecnología y doctoranda en el Tecnológico de Monterrey (2024). Su investigación se centra en la genómica comparativa, clonación modular y expresión heteróloga en Streptomyces, explorando la diversidad química de actinobacterias aisladas de entornos poco estudiados. Ha realizado estancias en CENIBiot-CONARE (Costa Rica, 2024) y la Universidad de Oviedo (España, 2023), especializándose en HPLC-MS/MS y ensamblaje de clústeres biosintéticos. Ha publicado en revistas científicas y presentado su trabajo en congresos internacionales, como la ISBA Conference (Canadá, 2022), además de ser seleccionada para el Summer School on Applied Molecular Microbiology (John Innes Centre, Croacia, 2024).

Certificado digital

Obtendrás un certificado con valor curricular, el cual queda registrado dentro de la plataforma de Conociverso y podrás consultar en cualquier momento para su validación.

Requerimientos técnicos

Fundamentos de Bioinformática estructural (Docking, dinámica y visualización de biomoléculas).
Bioquímica básica.
Memoria RAM de 8 GB o superior.
Procesadores core i5 similar o superior.

Preguntas frecuentes

¿Se entrega un certificado al finalizar este curso?

Sí. Al terminar el curso recibirás un certificado con valor curricular, emitido por Conociverso, que demuestra las habilidades adquiridas durante el curso.

¿Debo tener algún grado académico específico para inscribirme?

No necesariamente. Recomendamos contar con conocimientos básicos en ciencias biológicas, pero el programa está pensado para adaptarse tanto a estudiantes como a profesionales.

¿Necesito tener instalado algún software antes de iniciar?

No. Durante el diplomado aprenderás a instalar y utilizar cada herramienta paso a paso, con la guía de tus profesores. Únicamente necesitas contar con una computadora con al menos 8 GB de RAM.

Si las clases en vivo ya pasaron, ¿aun así puedo tomar este curso?

¡Por supuesto! Todos nuestros cursos están diseñados para que también los puedas realizar en modalidad asincrónica, a tu propio ritmo y en el horario que mejor se adapte a ti. Tendrás acceso a las grabaciones de todas las clases del curso y al material complementario.

¿Emiten factura fiscal?

Sí, emitimos factura fiscal únicamente para México. Para solicitarla, ve a la configuración de tu cuenta, en la sección de pagos encontrarás la opción de facturación. Debe solicitarse dentro del mismo mes en que se realizó la compra.

Reseñas

M1 Introducción a las tecnologías de secuenciación

Tipos de tecnologías de secuenciación:
- Illumina (lecturas cortas).
- Oxford Nanopore y PacBio (lecturas largas).
Comparativa de plataformas: precisión, longitud de lectura, costos, aplicaciones.
Flujo de trabajo típico de un proyecto de ensamblaje genómico.
Práctica 1: Análisis de calidad de secuencias.

M2 Estrategias de ensamble genómico

Conceptos de ensamblaje de novo: ¿Qué es y cuándo se utiliza?
Ensamblaje de novo: Ventajas y limitaciones.
Ensamblaje por referencia: Ventajas y limitaciones.
Práctica 2: Análisis de ensamblaje de novo con SPAdes.

M3 Ensamble híbrido con Unicycler

Principios del ensamblaje híbrido (short + long reads).
Flujos de trabajo de Unicycler: cómo integrar datos de distintas plataformas.
Ventajas del ensamblaje híbrido en la obtención de genomas cerrados.
Práctica 3: Desarrollo ensamble híbrido con Unicycler.

M4 Evaluación de calidad de ensambles

Principales métricas de calidad: N50, L50, número de contigs, porcentaje de GC.
Interpretación crítica de estas métricas en el contexto del ensamblaje.
Herramientas de evaluación: QUAST.
Práctica 4: Evaluación de la calidad de los ensamblajes seleccionados.

M5 Síntesis y Presentación de Resultados de ensamble de genomas

Interpretación global de resultados de ensamble genómico y calidad.
Aplicación de ensamblaje de genomas en diferentes áreas de estudio.
Práctica 5: Presentación de resultados comparativos y discutir ventajas/desventajas de cada enfoque.