Curso de Dinámica molecular para moléculas pequeñas

PhD(c). César Sánchez Juárez

Universidad Autónoma Metropolitana

Curso de Dinámica molecular para moléculas pequeñas

Curso en línea

Acceso durante 1 año

10 horas totales

$899.00 MXN ($45 USD)

Información general

Este curso te introducirá en los fundamentos teóricos y prácticos de la Dinámica Molecular (DM), proporcionando las bases necesarias para comprender su aplicación en el estudio de biomoléculas. A lo largo del mismo, aprenderás a utilizar software especializado para ejecutar y analizar simulaciones, explorando parámetros clave y herramientas de visualización (VMD).

Qué aprenderás

Manejo de visualizadores moleculares

Manejo de CHARMM-GUI

Uso de gromacs para ejecución de simulaciones

A quién va dirigido este curso

Este curso está dirigido a estudiantes e investigadores interesados en el modelado molecular y las simulaciones computacionales, especialmente en el área de las ciencias químico-biológicas. La Dinámica Molecular ha sido ampliamente utilizada en este campo para estudiar complejos proteína-ligando, permitiendo analizar sus interacciones clave y comprender mejor sus mecanismos de acción.

Beneficios del curso

Certificado de finalización

Constancia de
finalización del curso
y realización de un
proyecto con valor
curricular

Instructores expertos

Aprende directamente de expertos del área de las mejores instituciones de Latinoamérica y el mundo

Educación con proyectos

Realizarás un
proyecto académico
para demostrar las
habilidades
adquiridas en el
curso

Temario

M1 Bases y fundamentos de la dinámica molecular

Fundamentos básicos de la dinámica molecular: mecánica clásica aplicada a moléculas, fuerzas y potenciales.

Aplicaciones de la dinámica molecular: diseño de fármacos, interacciones proteína-ligando, propiedades moleculares.

Caso de estudio: preparación y análisis inicial de una molécula pequeña.
Archivos de entrada: coordenadas, topología y parámetros esenciales para la simulación.

Práctica 1: Instalación de GROMACS versión 2023 para iniciar con las simulaciones.

M2 Construcción del sistema de simulación parte I

Análisis de las particularidades y casos de éxito de la dinámica molecular de complejos proteína-ligandos.
Introducción al uso de la plataforma CHARMM-GUI, para construcción de sistemas de simulación y parametrización.

Práctica 2: Construcción de un sistema de simulación proteína-ligando con el servidor en línea CHARMM-GUI.

M3 Construcción del sistema de simulación parte II

Análisis de las limitaciones de la dinámica molecular.
- Métodos avanzados de la dinámica molecular.

Práctica 3: Construcción de un sistema de simulación proteína-ligando con los módulos internos de GROMACS.

Práctica 4: Minimización y equilibrios de sistemas de simulación.

M4 Simulaciones post-tratamiento y análisis básico para dinámica molecular

Consideraciones finales y ejecución de la simulación de dinámica molecular productiva.
Análisis de las propiedades usualmente reportadas en las simulaciones de Dinámica Proteína-Ligando.

Práctica 5: Post-tratamiento de las coordenadas, remoción de propiedades periódicas y centrado de la dinámica molecular.

M5 Análisis más complejos: PCA y análisis de energía libre conformacional

Análisis de PCA, metodología estadística utilizada para identificar los modos principales de movimiento.
Análisis de energía libre conformacional (Free energy landscape) para identificar los mínimos de energía y con ello las trayectorias más relevantes.

Práctica 7: PCA e identificación de mínimos de energía.

Proyecto

Creación de un sistema de simulación molecular

Construiremos un sistema de simulación molecular (dinámica molecular) con una proteína de tu interés utilizando el software gromacs.

Instructor

PhD(c). César Sánchez Juárez

Universidad Autónoma Metropolitana

Maestro en Ciencias y Estudiante de Doctorado en Química, formado en el área de biofisicoquímica. Su campo de investigación es la fisicoquímica de proteínas y el diseño racional de fármacos. Tiene experiencia en el manejo de técnicas experimentales como: Fluorescencia, espectroscopia UV-vis, Dicroísmo Circular, Calorimetría de titulación isotérmica y Dispersión Dinámica de Luz. Además de técnicas computacionales y bioinformáticas como el modelado por homología, Docking y Dinámica Molecular.

Certificado digital

Obtendrás un certificado con valor curricular, el cual queda registrado dentro de la plataforma de Conociverso y podrás consultar en cualquier momento para su validación.

Requerimientos técnicos

Conocimientos básicos de bioquímica o química orgánica
Memoria RAM de 8 GB o superior.
Procesadores core i5 similar o superior.

Preguntas frecuentes

¿Se entrega un certificado al finalizar este curso?

Sí. Al terminar el curso recibirás un certificado con valor curricular, emitido por Conociverso, que demuestra las habilidades adquiridas durante el curso.

¿Debo tener algún grado académico específico para inscribirme?

No necesariamente. Recomendamos contar con conocimientos básicos en ciencias biológicas, pero el programa está pensado para adaptarse tanto a estudiantes como a profesionales.

¿Necesito tener instalado algún software antes de iniciar?

No. Durante el diplomado aprenderás a instalar y utilizar cada herramienta paso a paso, con la guía de tus profesores. Únicamente necesitas contar con una computadora con al menos 8 GB de RAM.

Si las clases en vivo ya pasaron, ¿aun así puedo tomar este curso?

¡Por supuesto! Todos nuestros cursos están diseñados para que también los puedas realizar en modalidad asincrónica, a tu propio ritmo y en el horario que mejor se adapte a ti. Tendrás acceso a las grabaciones de todas las clases del curso y al material complementario.

¿Emiten factura fiscal?

Sí, emitimos factura fiscal únicamente para México. Para solicitarla, ve a la configuración de tu cuenta, en la sección de pagos encontrarás la opción de facturación. Debe solicitarse dentro del mismo mes en que se realizó la compra.

Reseñas