Curso de AlphaFold para el modelado de estructuras proteicas

PhD (c) César Sánchez Juárez

Universidad Autónoma Metropolitana

Curso de AlphaFold para el modelado de estructuras proteicas

Curso en línea

Acceso durante 1 año

10 horas totales

$899.00 MXN ($45 USD)

Información general

El curso te introducirá al manejo del algoritmo de AlphaFold para la obtención de estructuras tridimensionales de proteínas. Para ello utilizaremos los servidores en línea de AlphaFold y abordaremos distintos escenarios en los que es necesario obtener una predicción de estructura de una proteína. El objetivo es implementar efectivamente esta herramienta en tus investigaciones.

Qué aprenderás

Manejo de bases de datos.

Visualización y descripción de estructuras.

Validación de estructuras 3D.

A quién va dirigido este curso

Este curso está dirigido a estudiantes, investigadores y profesionales de áreas como bioquímica, biología molecular, biotecnología y bioinformática que deseen aprender a predecir estructuras tridimensionales de proteínas mediante herramientas computacionales. Es ideal tanto para usuarios principiantes como para aquellos interesados en aplicar inteligencia artificial en ciencias de la vida, especialmente en proyectos relacionados con diseño de fármacos, caracterización de proteínas o estudios estructurales. No se requiere experiencia previa en programación.

Beneficios del curso

Certificado de finalización

Constancia de
finalización del curso
y realización de un
proyecto con valor
curricular

Instructores expertos

Aprende directamente de expertos del área de las mejores instituciones de Latinoamérica y el mundo

Educación con proyectos

Realizarás un
proyecto académico
para demostrar las
habilidades
adquiridas en el
curso

Temario

M1 Obtención, identificación y manejo de los archivos de entrada.

Aprenderemos a obtener e identificar secuencias y estructuras de proteínas de interés utilizando herramientas y servidores como Uniprot, ProtParam, Protein Data Bank (PDB) y NCBI.
Exploramos el manejo y visualización de las secuencias y estructuras obtenidas con software como Jalview y Chimera.
Construiremos un modelo tridimensional utilizando AlphaFold2,

Práctica 1: Obtención de la estructura Wild Type de una proteína a partir de mutantes con estructuras resueltas.

M2 Modelo por homología en AlphaFold2

Realizaremos la búsqueda de posibles estructuras templado para construir el modelo utilizando herramientas como BLASTp y ClustalW.
Prepararemos las estructuras templado seleccionadas empleando Chimera, asegurándonos de que estén listas para su uso en el modelado.

Práctica 2: Modelado por homología en AlphaFold2 (AF2).

M3 Validación y análisis del modelo.

Validación del modelo con Saves6.1 y MolProbity.
Ajustaremos los estados de protonación del modelo final utilizando la herramienta PDB2PQR.
Visualización y análisis de los resultados del modelo obtenido, discutiendo observaciones clave y posibles mejoras.

M4 Proteínas con dominios desconocidos.

Revisión teórica de las proteínas con dominios desconocidos y su importancia.
Exploración de los servidores empleados para predecir dominios en proteínas.

Práctica 3: Construcción de modelos con proteínas con dominios desconocidos en AlphaFold3.

M5 Análisis de otros casos.

Construcción de modelos con cofactores y/o grupos complementarios en AlphaFold3.
Aproximación al docking con AlphaFold3.

Práctica 4: Retroalimentación de proyectos y comentarios finales.

Proyecto

Modela tu proteína con AlphaFold

A partir de la secuencia de residuos de una proteína, construirán una predicción de su estructura tridimensional empleando cualquiera de las herramientas disponibles de AlphaFold. Al finalizar, valida tu modelo y describe brevemente sus características.

Instructor

PhD (c) César Sánchez Juárez

Universidad Autónoma Metropolitana

Maestro en ciencias y estudiante de doctorado en química, formado en el área de bio-fisicoquímica. Su campo de investigación es la fisicoquímica de proteínas y el diseño racional de fármacos. Con experiencia en el manejo de técnicas experimentales como: fluorescencia, espectroscopia UV-vis, dicroísmo circular, calorimetría de titulación isotérmica y dispersión dinámica de luz. Además de técnicas computacionales y bioinformáticas como el modelado por homología, docking y dinámica molecular.

Certificado digital

Obtendrás un certificado con valor curricular, el cual queda registrado dentro de la plataforma de Conociverso y podrás consultar en cualquier momento para su validación.

Requerimientos técnicos

Conocimientos básicos de bioquímica o química orgánica
Memoria RAM de 8 GB o superior.
Procesadores core i5 similar o superior.

Preguntas frecuentes

¿Se entrega un certificado al finalizar este curso?

Sí. Al terminar el curso recibirás un certificado con valor curricular, emitido por Conociverso, que demuestra las habilidades adquiridas durante el curso.

¿Debo tener algún grado académico específico para inscribirme?

No necesariamente. Recomendamos contar con conocimientos básicos en ciencias biológicas, pero el programa está pensado para adaptarse tanto a estudiantes como a profesionales.

¿Necesito tener instalado algún software antes de iniciar?

No. Durante el diplomado aprenderás a instalar y utilizar cada herramienta paso a paso, con la guía de tus profesores. Únicamente necesitas contar con una computadora con al menos 8 GB de RAM.

Si las clases en vivo ya pasaron, ¿aun así puedo tomar este curso?

¡Por supuesto! Todos nuestros cursos están diseñados para que también los puedas realizar en modalidad asincrónica, a tu propio ritmo y en el horario que mejor se adapte a ti. Tendrás acceso a las grabaciones de todas las clases del curso y al material complementario.

¿Emiten factura fiscal?

Sí, emitimos factura fiscal únicamente para México. Para solicitarla, ve a la configuración de tu cuenta, en la sección de pagos encontrarás la opción de facturación. Debe solicitarse dentro del mismo mes en que se realizó la compra.

Reseñas